《零濡鸦之巫女》是一款黑暗宗教题材的游戏，背景设置在日上山。在山顶的湖底，存在着一扇通往冥界的大门。这扇大门会吸引人们前来寻死，一旦打开，就会导致灾难的发生。高手榜

为了防止大门被打开，山上的巫女学会了一种技能，类似于魔兽世界中面向团队的治疗技能——“灵魂链接”。巫女们可以与其他人共享记忆、分担痛苦，以此来减轻前来上山寻死的人们的心理负担，让他们放弃自杀的念头。但是，巫女们在分担痛苦的时候，会吸收一些负能量，这些负能量会不断积累，直到巫女们不堪重负。

当巫女们无法再承受负能量的积压时，就会被扔进木箱子里沉入湖底，以此来封住冥界之门。但如果找不到新的巫女来代替，就只能让这个负能量满满的巫女再次承担这份责任。为了让她重新承担这份责任，需要给她配上阴婚，即抓住一个倒霉男人，让他与巫女成亲。配对成功后，这个倒霉鬼就会被扔进木箱子里，替巫女封住冥界之门。这看似是一种牺牲个人幸福来换取万家幸福的高尚行为，但事实上，这个循环被打破了。

一天，一个叫刀哥的人宰杀了所有的巫女，导致阴婚失败，冥界大门被打开，无数恶灵在山上肆虐，导致整座山都变成了鬼域。游戏正是从这个点展开，玩家要扮演巫女们的角色，探索山上的秘密，解开各种谜题，挑战BOSS，拯救山上的灵魂。